日暮戈薇是就读于国中三年级的15岁普通小女生，某日，她偶然通过家中神社的枯井来到了500年前的战国时代。时狼烟四起，妖怪横行，世间大地生灵涂炭。戈薇在御神木那里邂逅了被封印的半妖犬夜叉。50年前，意欲变成真正妖怪的犬夜叉，为了得到四魂之玉结识拥有强大灵力的巫女桔梗。经过一段时间相处，两人之间产生了感情。犬夜叉因此希望变成人类，而桔梗也打算在净化完四魂之玉后过回普通人的生活。然而，对桔梗心存邪念的盗...

故事发生在名为“昊陵学园”的武术训练学校之中。拥有悲惨过去的九重透流（松冈祯丞 配音）带着满心的愤怒和抱负来到此处就读，希望能够在这里磨练技艺，变得强大替死去的妹妹报仇。...