一天毛利小五郎收到一张请帖，里面是谜样男子的委托，需要前往横滨的一个游乐场。小五郎和柯南一行人快乐地到达欢乐的游乐场，还带上了可以出入无阻代表VIP的手表，不料正中那名神秘男子的圈套。所有带上手表的人不得离开游乐场，否则便会发生爆炸。从现在开始到晚上十点，柯南和小五郎如果不能解开谜题，兰和少年侦探团也会随着游乐园粉身碎骨。然而更意想不到的是，那名男子居然直接称呼柯南为工藤新一。...

东京峰会召开在即，为了确保会议顺利进行，日本警方出动约两万名警力对位于东京湾的超大设施“海洋边缘”进行安保工作。可就在严密的防控下，此地已然发生了爆炸案。令柯南（高山南 配音）等人始料未及的是，现场居然留下了对毛利小五郎（小山力也 配音）极其不利的证据。在此之后，小五郎 遭到逮捕。柯南则发现安室透曾出现在爆炸现场，并且负了伤。为了还毛利叔叔的清白，柯南和阿笠博士以及少年侦探团的小伙伴们联合起来勘察...

东京峰会召开在即，为了确保会议顺利进行，日本警方出动约两万名警力对位于东京湾的超大设施“海洋边缘”进行安保工作。可就在严密的防控下，此地已然发生了爆炸案。令柯南（高山南 配音）等人始料未及的是，现场居然留下了对毛利小五郎（小山力也 配音）极其不利的证据。在此之后，小五郎 遭到逮捕。柯南则发现安室透曾出现在爆炸现场，并且负了伤。为了还毛利叔叔的清白，柯南和阿笠博士以及少年侦探团的小伙伴们联合起来勘察...

在一个风雨交加的晚上，一伙神秘的人策马狂奔向下田村的方向，之后这个村子就爆发了一场瘟疫，所有的村民都死了。在望月番番主的首肯下，甲贺组众忍者前往该村调查，不料路上遇到一个刀枪不入的彪形大汉的袭击，只有忍女阳炎（筱原惠美 配音）在一个男子的帮助下虎口逃生。帮助阳炎的这个人 就是牙神兽兵卫（山寺宏一 配音）， 不久之后他中了那个大汉的埋伏，两人一场血斗，最后兽兵卫险胜。这时一个自称是将军手下公义的小老...